Por meio do processo que iniciou no ano de 2008 e que contou com a participação ativa de vários atores, o hospital recebeu em 2012 a certificação de Hospital de Ensino, por meio da Portaria Interministerial Nº 1.014, de 23 de maio de 2012. O referido status foi validado após a visita realizada por uma junta de avaliadores composta de representantes dos Ministérios da Educação e Saúde, ocorrida em dezembro/2011.
Para corresponder às exigências de um Hospital de Ensino, o HSC conta com comissões, comitês e equipes, sendo estes: Comissão Intra-Hospitalar de Doação de Órgãos e Tecidos para Transplante – CIHDOTT; Equipe Multiprofissional de Terapia Nutricional – EMTN; Comissão de Documentação Médica e Estatística; Comissão de Ética Médica; Comissão Interna de Mortalidade Materno-Infantil; Comissão de Controle de Infecção Hospitalar; Comissão Interna de Prevenção de Acidentes; Comissão de Óbitos; Comissão de Revisão de Prontuários; Comitê Hospitalar Transfusional; Comissão de Padronização de Medicamentos, Farmacoterapia e Tecnovigilância; Comissão de Padronização de Materiais e Equipamentos; Comissão Interna de Ergonomia; Comissão de Meio Ambiente; Comissão de Proteção Radiológica; Comissão de Ética de Enfermagem; Comissão de Residência Médica; Comissão de Ensino; e Comissão de Residência Multiprofissional.
A presença de estudantes desenvolvendo atividades de estágio na instituição precede a aquisição do hospital pela Apesc, sendo o Curso de Enfermagem da Unisc o precursor das atividades acadêmicas no HSC. São desenvolvidos na instituição projetos e programas permanentes, nas áreas materno-infantil, humanização e acolhimento. O hospital participa do programa saúde em sua casa, realizado em parceria com a Prefeitura Municipal de Santa Cruz do Sul/RS e acolhe em suas instalações projetos de extensão multidisciplinares da Unisc voltados a comunidade, sendo eles o Projeto de Reabilitação Cardiorrespiratória (DPOC), Programa de Educação pelo Trabalho para a Saúde (PET-Saúde) Redes de Atenção e o Projeto de Atenção a Criança e ao Adolescente (PACA). A estrutura do hospital conta também com ambulatórios acadêmicos do curso de Medicina, Ambulatório de Nutrição e Ambulatório de Feridas.
Atualmente o Hospital Santa Cruz recebe, semestralmente, cerca de 1.000 estudantes, em estágio, aulas práticas, visitas observacionais, projetos de pesquisa e extensão em diversas áreas de conhecimento. Os cursos com maior número de estudantes em atividades no hospital pertencem a área da saúde, sendo eles respectivamente: Medicina, Enfermagem, Técnico de Enfermagem, Farmácia, Fisioterapia, Nutrição, Técnico em Radiologia, Psicologia e Serviço Social. Além dos cursos de caráter assistencial, o HSC, com frequência costuma acolher estudantes dos cursos de Comunicação Social, Administração, Contábeis, Secretariado Executivo, Engenharias, Técnico em Segurança do Trabalho e também estudantes de cursos de especialização Lato e Stricto Sensu. Em 2010 o hospital passou a oferecer programas de especialização Médica nas cinco áreas básicas, sendo eles: Residência Médica em Cirurgia Geral, Clínica Médica, Ginecologia e Obstetrícia, Medicina de Família e Comunidade e Pediatria. E no ano de 2014 passou a oferecer o Programa de Residência Multiprofissional em Saúde na área temática de Intensivismo, Urgência e Emergência e área de concentração em Atenção em Urgência e Emergência.
Para acolher as diversas atividades de ensino desenvolvidas na instituição o hospital conta com os Espaços Acadêmicos das Alas Santo Antônio e São Francisco, salas de estudo estruturadas em todas as unidades e uma unidade da biblioteca da Unisc, alocada na Área Acadêmica do Curso de Medicina.
A instituição dispõe de uma estrutura administrativa responsável por acompanhar os assuntos pertinentes as atividades de ensino e pesquisa, vinculadas à Direção de Ensino e Pesquisa. A Secretaria de Ensino e Pesquisa dá suporte à Comissão de Residência Médica e à Comissão de Residência Multiprofissional, atuando diretamente na organização e promoção de atividades que fomentem a interação entre assistência e academia.
